L'entomologie : 39.570 spécimens.

Le museum possède une très importante collection d'insectes du monde entier. Cette collection a été estimée à un peu plus de 39.570 spécimens répartis en 435 boites qui proviennent de dons de collectionneurs privés et d'amateurs.

La plus grosse collection est celle de Meyer renfermant plus de la moitié des spécimens (20.800 insectes dans 69 boites) qui sont principalement des coléoptères.

D'autres donateurs comme Achard (3.200 spécimens de coléoptères et hémiptères de France donnés en 1903), Fiereck (4.500 spécimens) et Levêque (3.600 coléoptères collectés entre 1946 et 1957) ont contribué à développer cette collection.

Elle est également constituée de collections plus modestes comme celle Chabrier(coléoptères, orthoptères et lépidoptères), Sirugue (lépidoptères de Provence), Suisse (coléoptères et lépidoptères de la région de Fontainebleau) et Squivet (lépidoptères et quelques coléoptères). Récemment, Beranger et Vesco ont légué une collection d'insectes de Guyane (coléoptères, odonates, lépidoptères ...) qu'on peut découvrir en exposition dans l'une des salles du museum.

La malacologie et divers invertébrés :89.000 spécimens.

La collection de malacologie est essentiellement constituée par des dons de marins comme Roux-Martin, Duveyrier et Dumont d'Urville, mais aussi par celles de Rostan d'Abancourt, Alexis et Contencin à la fin du XIXème siècle. 480 coraux, échinodermes, éponges complètent cette collection.